Nació el 3 de enero de 1942 en la provincia Pacajes del departamento de La Paz. Es historiador y máster en Ciencias Sociales y Educación Sociocomunitaria y Productiva. Fue docente en la Universidad Mayor de San Andrés (UMSA) de La Paz y en la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales (FLACSO), sede Ecuador. Es autor de casi un centenar de artículos sobre etnohistoria, historia, antropología y educación.

Ha publicado, entre otras, las investigaciones Sociedad y economía colonial en el sur andino (1993), Historia de una lucha desigual. Los contenidos ideológicos y políticos de las rebeliones indígenas de la pre-evolución Nacional (2005), Situación social y económica de los revolucionarios del 16 de julio de 1809 en La Paz (2008) y Pablo Zárate Willka y la rebelión indígena (2017). Tiene también varias publicaciones conjuntas, como Jesús de Machaqa: La marka rebelde 2. Sublevación y masacre de 1921 (1996, con la colaboración de Esteban Ticona, Félix Layme y Xavier Albó) y Educación indigenal en Bolivia. Un siglo de ensayos educativos y resistencias patronales (2006, con Cristina Quisbert).

El año 2016 el Gobierno Autónomo Municipal de La Paz galardonó a Roberto Choque con la condecoración Prócer Pedro Domingo Murillo, en grado de Honor Cívico.